プロトプラスト (protoplast) とは、細胞壁を有する生物(植物や糸状菌など)において、細胞壁溶解酵素(セルラーゼ)などで細胞壁を分解した細胞である。非常に弱く、少しの衝撃で破壊される。糸状菌ではこのプロトプラストを用いて形質転換(プロトプラスト-PEG法)が行われる。
異種の植物のプロトプラストを混ぜ合わせ、ポリエチレングリコール(PEG)で処理したり電気的な刺激を与えると、プロトプラスト同士が融合してしまう。このことを細胞融合といい、異種の細胞同士で細胞融合が行われた場合、雑種細胞がつくられる。
雑種細胞は細胞壁を再生した後、増殖してカルスとなる。これを組織培養することで雑種の植物ができあがる。この方法は交配による雑種形成が不可能である場合に利用されることがある。詳細はカルスを参照。
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